Аятолла Хаменеи родился в бедной азербайджанско-йездской семье в городе Мешхед 17 июля 1939 года. При рождении он получил имя Сейд Али Хосейни Хаменеи. Он был вторым ребенком в семье, в которой кроме Али было еще семеро детей, и он, как и два его брата, решил пойти по стопам отца, муллы в одной из мечетей города. Отец Али Хаменеи – Сайед Джавад Хосейни Хаменеи был не только муллой в мечети, учителем в медресе, но и членом муниципалитета города Мешхед.

Али Хаменеи не закончил средней школы, поскольку принял решение пойти учиться в Духовную академию Мешхеда (шиитская академия). В 1957 году Хаменеи покинул родной город и направился сначала в Наджаф, а затем в Кум, где он познакомился с Рухоллой Хомейни. В Кум Али Хаменеи приехал для того, чтобы посещать лекции Аятолл Хусейна Боруджерди и Рухоллы Хомейни.  Основатель Исламской Республики Иран оказал основополагающее влияние на радикализацию взглядов Хаменеи и его выступления против правления династии Пехлеви и монархии, в общем.

Эти выступления против шаха Ирана привели к тому, что Хаменеи с 1964 года несколько раз был арестован и провел определенное время в тюрьме. Также в этот период Али Хаменеи вернулся в свой родной город, после того, как Рухолла Хомейни был выслан из Ирана за антишахскую пропаганду и призывы к свержению монарха. В течение последующего десятилетия Али Хаменеи преподавал в исламских школах и продолжал свою антишахскую деятельность.