Поскольку Али Хаменеи сблизился с Рухоллой Хомейни и последний оказал основополагающее влияние на формирование его мировоззрения, Хаменени поддержал аятоллу Хомейни во время Исламской Революции и также стал важной фигурой во время революции.
Аятолла Хомейни относился с особым уважением к Али Хаменеи, о чем свидетельствует тот факт, что сразу после отставки аятоллы Монтазери, именно Хаменеи был назначен имамом пятничной молитвы в главной мечети Тегерана. Во время формирования революционного правительства Али Хаменеи сначала был назначен заместителем министра обороны, а затем именно он возглавил военизированные отряды Стражей Исламской Революции.
Сразу же после Исламской Революции в Иране началась Ирано-иракская война, известная как одна из самых кровопролитных и жестокий войн второй половины 20-ого столетия. Во время этой войны Хаменеи часто посещал фронт и передовую, проводя проповеди среди солдат. Также во время войны он возглавлял комитет по обороне в Парламенте Иранской Исламской Республики.
Летом 1981 года на Али Хаменени было совершено покушение во время, которого он получил ранение в руку, однако в августе 1981 года во время другого покушения погиб президента Ирана – Али Раджаи. После гибели президента Раджаи были назначены внеочередные выборы, на которых победу одержал популярный среди солдат и военных Али Хаменеи.