Али Хаменеи в настоящее время является не только Верховным Руководителем Ирана в руках которого находится власть над всеми тремя ветвями власти, но также он является главнокомандующим вооруженных сил и контролирует сферу СМИ в Иране. Несмотря на то, что Хаменеи является исламским фундаменталистом, он уделяет особое внимание развитию науки и таким капиталистическим экономическим процессам, как приватизация. Али Хаменеи является идеологом развития атомной энергетики, поскольку считает, что запасы «черного золота» рано или поздно закончатся.

Во внутренней политике в сфере образования аятолла Хаменеи продвигает процесс исламизации университетов Ирана. Он осуждает поездки иранских студентов в «страны неверных», изучение искусства и музыки неверных и т.д. Хаменеи, как и другие шииты-фундаменталисты выступает против суннитского меньшинства. В частности, он выступал против строительства суннитской мечети в Тегеране. Также Хаменеи часто критикуется представителями иранских национальных и религиозных меньшинств, поскольку продвигает только историческую память, связанную с Шиизмом, и в тоже время, он даже не объявил траур в стране, когда погибли 168 граждан Ирана преимущественно армянской национальности, в то время как трехдневный траур был объявлен после убийства иранского фундаменталиста.

Именно из-за того, что, по мнению Хаменеи «музыкальное образование портит умы маленьких детей» в Иране в конце 1990-ых годов были закрыты многочисленные музыкальные школы и обучение музыке до 16 лет запрещено, поскольку, по мнению Хаменеи изучение музыке «противоречит Исламу». Также Али Хаменеи негативно относится к борьбе женщин за свои права. Женщины Ирана независимо от вероисповедания, по мнению аятоллы Хаменеи, обязаны носить хиджаб и придерживаться исламского дресс кода в одежде.